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La Escuela se rige por una Junta de Directores, que determina la política institucional. La Junta está compuesta por siete miembros que representan el interés público, educativo y cultural, y es nombrada por la Junta de Directores del Instituto de Cultura Puertorriqueña. Cuenta con un(a) Rector(a), una Oficina de Planificación y Desarrollo y dos unidades básicas: Decanato de Asuntos Académicos y Estudiantiles, y Decanato de Administración.

El (la) Rector(a), nombrado(a) por la Junta de Directores, es responsable de ejecutar la política institucional y académica. Es el oficial que representa dicha Junta y sirve de enlace con la Escuela. Convoca y preside las reuniones del claustro y del Consejo Académico.

El Decanato de Asuntos Académicos y Estudiantiles coordina las actividades académicas y supervisa los Directores de los Departamentos y el Centro de Recursos para el Aprendizaje.. Es responsable, también, de desarrollar, coordinar y supervisar el conjunto de programas y servicios para el estudiantado de la Escuela. Provee servicios para el crecimiento individual y profesional de los estudiantes que complementan su formación académica y su desarrollo integral. Entre sus funciones más importantes están la de fomentar el desarrollo y revisión de los programas académicos, así como promover la innovación y el mejoramiento de la enseñanza.

La Escuela de Artes Plásticas y Diseño de Puerto Rico canaliza sus actividades administrativas a través del Decanato de Administración, cuyo Decano(a) coordina y supervisa las áreas de presupuesto, finanzas, personal, contabilidad, desembolsos, compras, mantenimiento, vigilancia de la planta física y de terrenos. Los expedientes mantenidos por éste deben estar en conformidad con las disposiciones de la Oficina del Contralor de Puerto Rico y los organismos de auditoría que supervisan las operaciones económicas de la Institución. La fase de presupuesto se administra de acuerdo con las disposiciones de la Oficina de Gerencia y Presupuesto de Puerto Rico.

La Oficina de Planificación y Desarrollo coordina todos los esfuerzos institucionales y canaliza las iniciativas de los decanatos. Es responsable de analizar la operación académica y fiscal, y de impulsar estrategias para el crecimiento y desarrollo estructurado de la Escuela.